南通組織數(shù)字PCR研究方案
聚合酶鏈反應(yīng)注意事項:在實驗過程中要防止RNA的降解,保持RNA的完整性。在總RNA的提取過程中,注意避免mRNA的斷裂;為了防止非特異性擴增,必須設(shè)陰性對照;內(nèi)參的設(shè)定主要為了用于靶RNA的定量。常用的內(nèi)參有G3PD(甘油醛-3-磷酸脫氫酶)、β-Actin(β-肌動蛋白)等。其目的在于避免RNA定量誤差、加樣誤差以及各PCR反應(yīng)體系中擴增效率不均一各孔間的溫度差等所造成的誤差;PCR不能進入平臺期,出現(xiàn)平臺效應(yīng)與所擴增的目的基因的長度、序列、二級結(jié)構(gòu)以及目標(biāo)DNA起始的數(shù)量有關(guān)。故對于每一個目標(biāo)序列出現(xiàn)平臺效應(yīng)的循環(huán)數(shù),均應(yīng)通過單獨實驗來確定;防止DNA的污染:采用DNA酶處理RNA;在可能的情況下,將PCR引物置于基因的不同外顯子,以消除基因和mRNA的共線性。聚合酶鏈反應(yīng)可以選擇這些突變來理解蛋白質(zhì)是如何完成其功能的,并改變或改善蛋白質(zhì)功能。實時熒光定量PCR以熒光化學(xué)物質(zhì)測每次聚合酶鏈式反應(yīng)(PCR)循環(huán)后產(chǎn)物總量的方法。南通組織數(shù)字PCR研究方案
引物的設(shè)計注意事項:1,引物設(shè)計要跨內(nèi)含子,不能在一個外顯子上(我們的實驗是以cDNA為模板來擴增的,如果有DNA污染的話,因為DNA上含有分子量很大的內(nèi)含子,不可能完成擴增。這對我們消除整個實驗的誤差起很大的作用)。2,引物設(shè)計的時候要盡可能設(shè)計在同一退火溫度,方便于以后同時擴增很多不同的基因片段。但是如果相差比較大,就得分開做,浪費模板,浪費管家基因,所以每個實驗室設(shè)計引物的時候要盡可能一致,這樣就不用每次查退火溫度,且對整個實驗有利。南通分子生物學(xué)熒光PCR方案在PCR產(chǎn)物中,由于內(nèi)標(biāo)與靶模板的長度不同。
Real-time PCR操作流程:1、收集樣品。2相關(guān)試劑總RNA提取試劑TREzolReagent(RNA提取試劑),M-MLV(cDNA逆轉(zhuǎn)錄酶),RNA純化試劑,RealqPCRMasterMix(螢光定量PCR預(yù)混試劑)。3實驗儀器螢光定量PCR儀;PCR儀;低溫離心機。4總RNA提取。5cDNA合成在0.5ml的離心管中加入1µl模板總RNA(1µg/µl);Real-time PCR操作流程:2µl隨機引物(T18,10pmol/ul);2µl10mMdNTPmix;加水至15µl體系。混勻后70℃變性RNA5分鐘,冰上速冷1分鐘,離心將溶液收集至管底加入6µl5×PCRbuffer;1µlRNaseout;1µlM-MLVRT;加水至30µl體系。PCR儀中反應(yīng)條件設(shè)定37℃延伸60min,70℃保溫15min終止反應(yīng)。合成好的cDNA置于-20℃保存?zhèn)溆谩?/p>
Real-time PCR實驗注意事項-防止RNA酶污染的措施:1.所有的玻璃器皿均應(yīng)在使用前于180℃的高溫下干烤6hr或更長時間。2.塑料器皿可用0.1%DEPC水浸泡或用氯仿沖洗(注意:有機玻璃器具因可被氯仿腐蝕,故不能使用)。3.有機玻璃的電泳槽等,可先用去污劑洗滌,雙蒸水沖洗,乙醇干燥,再浸泡在3%H2O2室溫10min,然后用0.1%DEPC水沖洗,晾干。4.配制的溶液應(yīng)盡可能的用0.1%DEPC,在37℃處理12hr以上。然后用高壓滅菌除去殘留的DEPC。不能高壓滅菌的試劑,應(yīng)當(dāng)用DEPC處理過的無菌雙蒸水配制,然后經(jīng)0.22μm濾膜過濾除菌。5.操作人員戴一次性口罩、帽子、手套,實驗過程中手套要勤換。6.設(shè)置RNA操作專業(yè)使用實驗室,所有器械等應(yīng)為專業(yè)使用。由于在PCR擴增的指數(shù)時期,模板的Ct值和該模板的起始拷貝數(shù)存在線性關(guān)系,所以成為定量的依據(jù)。
Real-time PCR螢光染料摻入法:在PCR反應(yīng)體系中,加入過量SYBR螢光染料,SYBR螢光染料特異性地摻入DNA雙鏈后,發(fā)射螢光信號,而不摻入鏈中的SYBR染料分子不會發(fā)射任何螢光信號,從而保證螢光信號的增加與PCR產(chǎn)物的增加完全同步。此方法適用于:1、靈敏度高:使用SYBR可使螢光效果增強到1000倍以上。2、通用性好,不需要設(shè)計探針,方法簡便,省時,價格低廉。3、通用型方法,在國內(nèi)外科研中普遍使用。4、高通量大規(guī)模的定量PCR檢測。5、專一性要求不高的定量PCR檢測。PCR擴增時在加入一對引物的同時加入一個特異性的螢光探針。湖州分子生物學(xué)數(shù)字PCR
實時熒光定量PCR通過內(nèi)參或者外參法對待測樣品中的特定DNA序列進行定量分析的方法。南通組織數(shù)字PCR研究方案
引物的設(shè)計對于這個實驗至關(guān)重要,因為Real-time PCR的檢測靈敏度比較高,所以相應(yīng)的對引物設(shè)計的要求就很高。普通的要求規(guī)則大家都知道,還有幾點必須注意:1,引物的錯配率(引物錯配形成引物二聚體,但是SYBR照樣能嵌入進去,結(jié)果導(dǎo)致實驗結(jié)果的誤差很大,重復(fù)性也不好)。2,引物的特異性一定要高(不像常規(guī)PCR,引物同源性不高,只要兩條產(chǎn)物的片段長度相差足夠大,在電泳的時候能夠區(qū)分開就可以。Real-time PCR只有在熔解曲線的時候能分開,所以這就造成整個實驗結(jié)果誤差很大,不可信)。南通組織數(shù)字PCR研究方案
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